Les recherches du pôle parasitologie concernent les infections causées par les :
> Nématodes,
> protozoaires : Cryptosporidium, Eimeria, Neospora, Toxoplasma.
Les travaux engagés au sein du pôle portent sur :
> les interactions parasite - cellule épithéliale,
> les facteurs de virulence des parasites intestinaux du poulet et des ruminants,
> la réponse immunitaire muqueuse aux infections parasitaires et les spécificités du nouveau-né,
> la transgénèse chez Caenorhabditis elegans et chez les parasites,
> les mécanismes moléculaires de la résistance aux antiparasitaires,
> la recherche de nouvelles cibles pharmacologiques chez les helminthes,
> de nouvelles approches préventives et thérapeutiques : immunothérapie, xénobiotiques,
> l’amélioration de :
      - la réponse immunitaire induite lors de la vaccination : nanoparticules, protéines de fusion, etc.,
      - la délivrance des vaccins vers le site inducteur cible.

Trois équipes appartiennent à ce pôle qui regroupe 36 agents permanents dont 28 chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs.