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La résistance des bactéries aux antibiotiques pose un problème majeur en santé publique, qui devient de plus en plus inquiétant avec :
> l’accroissement de la multirésistance des bactéries pathogènes humaines et animales,
> l’émergence rapide de nouvelles résistances à des molécules antibiotiques récentes.

La lutte contre cette résistance est donc sans aucun doute un des défis médicaux majeurs du XXIe siècle. En effet, pour la seule Union Européenne les infections par des bactéries résistantes aux antibiotiques causent^* :
> le décès de 25 000 patients,
> un surcoût de 1,5 milliard d’euros.

Le monde médical craint un retour à une « ère pré-antibiotiques » : il deviendrait impossible de traiter les infections consécutives aux interventions chirurgicales les plus banales. En effet, émergent des résistances vis-à-vis d’antibiotiques d’importance critique utilisés parfois en dernier recours. Il s’agit par exemple de molécules comme les fluoroquinolones, les céphalosporines et les carbapénèmes.

L’élevage, la chaîne alimentaire et l’environnement sont aussi concernés, avec des enjeux sanitaires majeurs comme le :
> flux de gènes de résistance aux antibiotiques,
> développement et la sélection de bactéries  zoonotiques résistantes.

L’augmentation de la résistance/multirésistance aux antibiotiques de nombreuses bactéries pathogènes ou non dépend directement de "l’arsenal génétique" dont elles disposent. Celui-ci leur permet d’acquérir et de s’échanger les gènes de résistance lorsqu’ils se trouvent sur des éléments génétiques mobiles : plasmides, îlots génomiques. La diffusion des mécanismes de la résistance aux antibiotiques par ces éléments joue un rôle déterminant dans son développement.

* Estimations du centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies (ECDC)