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Les travaux du pôle bactériologie portent sur :
> la génétique comparative de bactéries pathogènes, pour l’étude de leur diversité, de leur virulence, de leur spécificité d’hôte et de leur résistance aux antibiotiques,
> les mécanismes bactériens responsables de :
      - la colonisation et l’invasion des hôtes et des pathologies associées,
      - l’adaptation aux différentes conditions environnementales,
      - la régulation des gènes de virulence,
      - la résistance aux antibiotiques et les flux de ses gènes,
> le rôle du microbiote sur :
      - la colonisation intestinale par les agents pathogènes,
      - la stimulation de la réponse immunitaire,
> la réponse immunitaire innée et l’inflammation en réponse à l’infection,
> l’amélioration du diagnostic :
      - par typage moléculaire bactérien et analyse génomique ,
      - avec de nouveaux outils résultant de l’analyse de la réponse immunitaire,
> l’isolement et la caractérisation de phages actifs sur des bactéries pathogènes,
> la réponse immunitaire pour proposer de nouveaux vaccins.

Ces études concernent surtout les infections bactériennes causées par Brucella, Escherichia coli, Mycobacterium, les Proteae, Pseudomonas, Salmonella, Staphylococcus et Streptococcus.

Les quatre équipes qui composent ce pôle regroupent 42 agents permanents dont 31 chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs.